Kościół w Klępinie został zbudowany przez katolików w początkach XV w. prawie w całości z kamienia polnego. W czasach reformacji stał się kościołem protestanckim i nadal służył jako dom modlitwy. Nie zniszczyło go pruskie panowanie. Rzesza Niemiecka uszanowała miejsce kultu religijnego. Ostał się w najtrudniejszych momentach I i II wojny światowej, doczekał się dnia wyzwolenia i powrotu polskich katolickich wiernych. Dzień wyzwolenia stał się jednak dniem zniszczenia przez żołnierzy sowieckich wiosną 1945 r. W latach 1990-1992 według projektu architekta Walentego Zaborowskiego i społecznym wysiłkiem mieszkańców Klępina, przy wsparciu parafii św. Józefa ze Stargardu, kościół został odrestaurowany i poświęcony 12 września 1999 r.