Încă din anul 1962, s-au făcut primele eforturi pentru a construi o nouă biserică, dar capelanul din Krupski Młyn nu a locuit decât în 1976. În primăvara anului 1980, guvernatorul Katowice a emis un permis pentru construirea unei biserici. Parohia Krupski Młyn a fost înființată prin decretul episcopului de Opole la 13 iunie 1980. Teritoriul său a fost separat de parohia Koty.
Piața pentru construirea bisericii și crucea au fost sfințite de episcopul Antoni Adamiuk la 12 octombrie 1980. Un an mai târziu, la 12 octombrie 1981, episcopul Jan Wieczorek a făcut prima săpătură simbolică pentru fundațiile templului. Construcția bisericii a durat 6 ani. La acea vreme, au fost construite o biserică, o capelă cu camere catehetice și un presbiteriu. Autorii proiectului sunt arhitecții: Jerzy Rak și Jan Skrzypek. Biserica și altarul au fost sfințite pe 27 septembrie 1987 de episcopul Opolei, Alfons Nossol.
În 1990, Comisia Episcopală pentru Clădirea Bisericii a atribuit trei clădiri sacre construite în Polonia în anii 1984-88 cu o distincție pentru avantajele funcționale și estetice, printre care și biserica Sf. Józef în Krupski Młyn.